事业单位思想政治工作开展所遇到的瓶颈主要包括传统的工作模式阻碍推广、传统的工作方式无法适应时代和传统的工作内容无法满足实际需求。为了解决这些问题,事业单位机构改革中的政工干部可以通过强化自身工作能力,创新思想政治工作方法以及运用“柔性管理”与新媒体结合的综合手段来做好思想政治工作。